En el año 1998, se celebraron los actos del 25 aniversario de la fundación de la Escuela Universitaria, entre los que podemos destacar el acto oficial que tuvo lugar en el Paraninfo de la Universidad de Alcalá, presidido por el entonces Rector de la UAH, Manuel Gala; el Provincial de Madrid, el H. Adolfo Varas; el Alcalde de Alcalá de Henares, Bartolomé González; el Director delegado de la UAH, Luis Rebollo; y el Director técnico de la Escuela Cardenal Cisneros, el H. Cecilio Díez.
La revista Pulso. Revista de Educación había nacido en 1977 como una revista interna de la Escuela. En el año 2001 -con su número 24- cambió su objetivo y formato para pasar a ser una revista científica de investigación en el ámbito educativo. Desde entonces, se ha dirigido a especialistas, investigadores y profesionales del campo de la educación, para publicar artículos originales de investigación empírica y teórica, estudios, revisiones y experiencias educativas.
Pioneros en la formación online
Fue en 2003 cuando se puso en marcha el Campus Virtual y la modalidad semipresencial de los estudios de Educación Social y de las cinco titulaciones de Magisterio que venían impartiéndose hasta el momento únicamente de modo presencial. La Escuela fue un centro pionero en la puesta en marcha de estudios universitarios semipresenciales, cuando pocas Universidades concebían aún esta metodología, mucho más desarrollada y adaptada al estudiante que los tradicionales estudios a distancia.
En 2004, la Administración General del Instituto de los Hermanos Maristas, en Roma, crea la Red Internacional Marista de Instituciones de Educación Superior, donde se reúnen todas las instituciones de Educación Superior del ámbito marista. El Centro Universitario Cardenal Cisneros forma parte de ella desde su fundación. Una red que le une con 27 instituciones a nivel internacional en más de diez países.
El Aula de Cultura Cardenal Cisneros, también denominada Universidad Abierta durante algunos años, se fundó en 2007 y continúa su actividad en la actualidad como foro de intercambio y educación permanente dirigido a personas con inquietudes culturales, ofreciendo formación científico-humanística de calidad en materia de Ciencia, Tecnología, Literatura, Humanidades, Arte o Ciencias Sociales.
La implantación de los Títulos de Grado llegó en el curso 2010-2011, según el proceso de adaptación de las universidades españolas y del resto de Europa (Plan Bolonia) al nuevo Espacio Europeo de Educación Superior (EEES).