Las piedras de la Santa e Insigne Catedral-Magistral de Alcalá tienen más de 1.700 años de historia de la ciudad. El martirio de los Santos Niños Justo y Pastor fue en el año 306 en el Campo Laudable, en las afueras de la ciudad romana de Complutum. En ese mismo lugar, sobre la piedra en la que recibieron martirio, en el año 414 se levantó una capilla para albergar sus restos. Ese fue el origen de lo que hoy es la Catedral de Alcalá en tanto es sede episcopal y ahí tiene su asiento el obispo complutense.
Sin embargo fue el Cardenal Cisneros quien erigió el templo como más o menos hoy lo conocemos. Desgraciadamente un incendio destruyó en 1936 en el inicio de la guerra civil el magnífico coro y otros elementos artísticos y arquitectónicos. Avatares del destino y situaciones complejas hacen que a pesar de que el Cardenal Cisneros dejara escrito en su testamento su deseo de ser enterrado en la capilla de la Universidad, la capilla de San Ildefonso, la cuestión es que el cardenal está enterrado en la iglesia Magistral Catedral y como curiosidad cabe apuntar que está enterrado en dos partes, una en el trascoro de la girola y la otra en el altar mayor, junto a la mesa en la que fue canonizado San Diego de Alcalá.
El Cardenal Cisneros fue quien consiguió el título de Magistral, del que sólo pueden presumir dosw templos en el mundo, el de Alcalá y la iglesia de San Pedro de Lovaina (Bélgica). Ese título suponía que todos sus canónigos debían ser doctores en teología, lo que daba a la iglesia erigida sobre la piedra martirial de los Santos Niños una enorme importancia intelectual puesto que sus canónigos eran la punta de lanza del pensamiento cristiano en la época.
Antes que el Cardenal Cisneros fue otro arzobispo toledano, Alfonso Carrillo de Acuña, quien tuvo también una enorme importancia puesto que reconstruyo la iglesia primigenia y la elevó a la categoría de colegiata. Sobre ésta fue la que actuó hace quinientos años el Cardenal Cisneros.
Por tanto, estamos ante un auténtico monumento que según se quiera ver, es cinco veces centenario, si nos atenemos a la fecha de erección de la Magistral de Cisneros, o diecisiete veces centenario si nos atenemos al momento en que se levantó la capilla para adorar los restos de los niños mártires, reliquias que hoy todavía se pueden adorar ya que se conservan en la cripta bajo el altar mayor.
Pero la iglesia también no sólo es una joya del pasado sino que vive con intensidad el presente y afronta el futuro en las mejores condiciones. La iglesia Magistral se puede visitar desde un punto de vista turístico y no defrauda. Hay visitas guiadas pero también se puede utilizar una magnífica audioguía que se presentó el año pasado y que ha sido todo un éxito.
El exterior del templo es sencillo y austero. Destaca la portada de la fachada occidental, de estilo gótico florido, en cuyo medallón central se representa a san Ildefonso; y la alta torre, obra de Rodrigo Gil de Hontañón y Rodrigo Argüello, de estilo renacentista, con una altura de 62,05 metros. Remata esta torre un hermoso chapitel con pizarra de indudable estilo herreriano.
La catedral cuenta con un severo claustro del siglo XVII con arquerías entre pilastras. Los suelos aparecen cubiertos por alfombras renacentistas procedentes de conventos alcalaínos. En uno de los muros se conserva la sepultura del cardenal Cisneros. Desde el claustro se accede a la Sala Capitular y la antigua biblioteca, decorada por Angelo Nardi, ahora Museo Catedralicio.
El interior del edificio está dividido en tres naves, cubiertas por bóvedas de crucería apoyadas sobre pilares fasciculados. La forma general del edificio se asemeja a la tradicional planta de cruz latina con marcado transepto. El edificio entero sufrió mucho en el mencionado incendio, y se perdieron innumerables obras de arte y objetos de gran valor histórico, devocional y sentimental. Actualmente el templo alberga, aparte de sus funciones religiosas, un Centro de interpretación y el Museo catedralicio.
